La vida de los primeros pobladores y asentamientos humanos, transcurría en las grandes montañas cubiertas por una increíble naturaleza, que les dotaba de infinidad de alimentos pero también resguardaba el peligro para aquellos que se aventuraran a explorarlas. Las principales actividades que desempeñaban era la caza, la recolección y la siembra; creaban terrazas de cultivo en donde sembraban semillas y plantas que les proporcionaban alimentos, empleadas desde épocas remotas, por lo que aun se encuentran terraplenes entre las lomas y barrancas en donde cultivaban, las cuales datan cuando menos del año 500 a.C.

Posteriormente en esta región se establecen grupos indígenas otomíes, que influyeron en la fundación de los poblados más antiguos del municipio, como Taxhimay y Zacapexco en el siglo XII. Sin embargo los primeros asentamientos de gran tamaño comenzaron hasta la época Tolteca, debido al contacto directo que existió con Tula, hasta su destrucción, por lo que los tolteca-otomí;  emigran a la región de Xilotepec-Chiapan, a la que pertenecía Villa del Carbón;  A finales de 1400 fue dominada por los mexicas estableciéndose en los alrededores con el propósito de gobernar y así cobrar un impuesto, opresión que continúo hasta la llegada de los españoles.  A partir de 1524 se empezaron a fundar conventos en los grandes centros indígenas de importancia política y religiosa, siendo los franciscanos los que abrieron brecha en esta region al apostolado en el México Central.

Los pobladores españoles que llegaron a lo que actualmente es la cabecera municipal de Villa del Carbón (Siglo XVII), procedían en su mayoría del sudeste de la provincia de Salamanca España. Estas familias se fueron estableciendo permanentemente en la zona, atraídas por los ricos recursos forestales, la fauna, los terrenos forrajeros, la abundancia de agua, lo benigno del clima y la belleza del lugar.

El poblado inicialmente se llamó Congregación de la Peña de Francia, perteneciendo a la cofradía de Chapa de Mota.  El 17 de enero de 1714, Don Juan de Mutio, un ilustre y sabio sacerdote, fue quien hizo las gestiones necesarias para que dicha congregación, en acuerdo con los pueblos circunvecinos, dejara de pertenecer a Chapa de Mota, adquiriendo por consiguiente la categoría de parroquia y de ayuntamiento.

En el año de 1700 se inició el trazado y construcción del pueblo, planeado a la usanza novohispana. Se comenzó con la plaza pública, que albergaría una parroquia con una cúpula y dos torres. Las casas de las familias principales, que ocuparon manzanas de forma cuadrangular, y posteriormente se agregó el palacio municipal.

En 1723, la citada Congregación fue llamada Santo Tomás de Villa Nueva, y en 1740, se le conocía también como Congregación de Nuestra Señora de la Peña de Francia, por la pequeña imagen de la Virgen de la Peña De Francia que traían los españoles, y a la cual, veneraban con mucho fervor desde los tiempos de los moros.  Durante mucho tiempo una de las actividades económicas del lugar fue la explotación de carbón vegetal, que se distribuía en los alrededores y en la Ciudad de México, a la nueva población también se le denominaba Villanueva del Carbón de Nuestra Señora Santa María de la Peña de Francia,  apareciendo en mapas y designaciones del lugar simplemente como "El Carbón", por costumbre "En la Villa Nueva en donde hacen carbón" y por repetición, diminutivo o contracción, finalmente: Villa del Carbón, como se le conoce actualmente.

Este municipio presenta atractivos turísticos muy variados, y de diversas actividades tanto de servicios como productos artesanales, las cuales han creado identidad propia, resaltando la utilización sustentable del medio natural y de un orden constructivo de civilidad; promoviendo las actividades turísticas como exposiciones culturales, deportes al aire libre, deportes extremos, y talleres entre otros.  Con un enfoque de sustentabilidad con participación de jóvenes y familias del municipio, además de turistas y visitantes en general.